리눅스의 가장 큰 단점은 사용자 그래픽 인터페이스입니다. 윈도우 계열의 컴퓨터의 경우 개인용 PC로 사용하기에 아주 적합니다. 특히, 윈도우 자체가 많은 편리성을 제공합니다. 또한, 지금까지 개발된 수많은 프로그램과 드라이버, 사용자의 선호도 등이 윈도우 프로그램을 개인용 컴퓨터로 선호하는 이유입니다. 하지만, 전세계의 많은 나라들이 마이크로 소프트 사의 독점적인 체제와 라이센스비 등의 이유로 그다지 선호하지 않는 것도 사실입니다. 이러한 이유로 수많은 나라들이 기본 운영체제로 리눅스를 사용한다고 합니다. 그리고, 리눅스의 X윈도우는 마이크로소프트사의 윈도우와 거의 동일한 그래픽 인터페이스 환경을 사용자에게 제공합니다. 그렇다 하더라도 리눅스는 아직까지는 마이크로소프트사의 윈도우의 그래픽 인터페이스면에서는 다소 떨어지는 감이 있고, 현재 이미 마이크로소프트사의 윈도우에 익숙한 사용자가 리눅스를 개인용 PC로 사용하기에는 다소 무리가 있는 것이 사실입니다.
특히 컴퓨터 사용자들이 많이 이용하고 있는 마이크로소프트사의 윈도우용 MS 오피스 프로그램이나 포토샵 등의 사용이나 게임에 관련된 프로그램은 리눅스에서 제대로 실행되지 않습니다.
하지만, 리눅스의 발전 속도로 보아서 언젠가는 개인용 PC 역할도 리눅스가 더 뛰어나리라 봅니다.